ISO9001認證貫標工作的實質是把日常工作按質量管理體系文件的要求加以標準化、規范化、科學化，相當于企業日常質量管理工作，但是深入開展ISO9001貫標工作，是強化企業管理，增強市場競爭力的重要舉措。但是ISO9001貫標過程中還存著許多需要解決的問題。

1、日常管理與質量管理體系二者割裂，出現“兩張皮”現象。個別管理者尤其基層管理人員，對于ISO9001貫標工作理解不到位，不能準確把握運用管理體系文件，工作沿襲過去習慣做法，將ISO9001貫標作為一種認證需要的任務來完成，日常工作中，將貫標文件擱置一旁，我行我素，待到內外審之前，突擊填寫記錄等，以達到審核要求，嚴重違背貫標主旨，使ISO9001貫標成為一種負擔，對工作毫無益處可言。

2、企業為保證ISO9001貫標工作的力度，將審核結果與績效考核緊密結合，無論內審還是外審，甚至中間過程控制環節，一旦發現不合格或不符合，就進行績效考核，未能給與作業者適當糾正機會，也使審核中不易發現問題，錯失持續改進機會。

3、內部缺乏溝通，策劃實際過程相脫節。質量管理體系體系文件的主要推動者是企業管理者，管理者的意識決定了企業內部的ISO9001貫標力度。與受審核方領導溝通交流不及時，從而造成貫標工作難以深入開展。在策劃階段，策劃往往是在顧客、上級、程序文件與其他外部要求下完成，因而策劃相對簡單缺乏實質內容，影響了ISO9001貫標工作的有效性。